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Die Marienkirche wurde anno 1886 als erste katholische Kirche nach der Reformation errichtet. Ermöglicht wurde dies durch ein grosszügiges Legat der 1845 in München zum katholischen Glauben konvertierten, begüterten Basler Kunstmalerin und Gönnerin, Emilie Linder (1797-1867). Nachdem den Katholiken 1884 ihre Schule am Lindenberg durch Parlament und Volk aufgehoben und die Barfüsserkirche zu ihrer Nutzung verweigert wurde, beschlossen sie den Neubau der Marienkirche durch den Basler Architekten Paul Reber. Letzterer bewerkstelligte übrigens auch die Erweiterung der Synagoge. Die sterblichen Überreste der Stifterin wurden nach der Überführung aus München in der Gruft (heute im Grab im linken Querschiffs der Kirche) beigesetzt.
Aus finanziellen Gründen war zunächst der Bau des Turms nur vorgesehen.

Die Kirche wurde als grosse, dreischiffige, flachgedeckte Säulenbasilika mit Querhaus konzipiert, wobei das Querschiff wegen Bauabständen nicht sehr ausgeprägt werden konnte. Die Kirche fasst 1300 Sitzplätze. Im Innern prägen die vier monolithischen Rundsäulen aus Veroneser Marmor das Bild. Die reiche Ausstattung war neobyzantinisch.

Die Kirche war ursprünglich freistehend. Erst 1914 kamen die anschliessenden Häuser (links Sigristenhaus, rechts das Pfarrhaus) dazu, die vom Architekten der Heiliggeistkirche, Gustav Doppler, geplant und ausgeführt wurden.

1952 wurde eine umfassende „Renovation“ ins Auge gefasst, die an den bedeutenden Reform- und Kirchenarchitekten Fritz Metzger aus Zürich (u.a. Franziskuskirche Riehen) vergeben wurde. Die Renovation war tiefgreifend, es war ein regelrechter Bildersturm, aus heutiger Sicht kaum nachvollziehbar. Sämtliche neobyzantinischen Ausstattungselemente wurden radikal entfernt, und der Raum, einschliesslich der Marmorsäulen wurde weiss gestrichen. Neue Elemente sind die noch heute vorhandenen Glasfenster und der Baldachin „La Sainte Trinité“ von Coghuf. Die Auswirkungen der „Renovation“ auf die Akustik waren verheerend.

1963, bedingt durch die liturgische Reform, wurden unter der Leitung von Leo Cron der Chorraum umgestaltet und eine schallschluckende Decke, welche die Problematik entschärfte, eingezogen.

Nach einem Brand im Jahr 1983 wurde die Kirche durch H.P. Baur und Fritz Kettner erneut umfassend renoviert, den liturgischen Bedürfnissen angepasst (Beichtzimmer).. Die Bilder der Kreuzwegstationen aus der ursprünglichen Kirche wurden in einem Keller entdeckt und wieder angebracht.

In einem weiteren Schritt fügte man zur akustischen Verbesserung hölzerne Deckenelemente ein. Die Empore wurde umgestaltet, damit die neue Orgel eingebaut werden konnte, und Ken Komai definierte mittels einer speziellen und aufwändigen Farbgestaltung den Raum neu.

Die Marienkirche ist eine rege besuchte Stadtkirche, die mehrheitlich auch Gläubigen Platz bietet, die nicht auf dem Pfarreiterritorium wohnen. Spürbar ist der geschichtliche Hintergrund besonderen katholischen Engagements noch heute. Kunstvolle traditionsgebundene Liturgie und Kirchenmusik, sowie ein hohes Niveau im Bereich der Verkündigung und Bildung sind Schwerpunkte der Pfarrei. Seit jeher pflegt St. Marien eine gute Beziehungen zu Musikern des Basler Sinfonieorchesters. Die Nähe zur Universität und das vielfältige Pfarreileben von St. Marien bilden heute noch den gesellschaftlichen Mittelpunkt für viele, auch jüngere, engagierte und interessierte Katholiken aus der ganzen Region Basel, ja sogar über die Landesgrenzen hinaus.